Орта Азиялық мұсылман ілімі мен мәдениетінің дамуына ортағасырлық шығыс мәдениеті тың серпін берді. Әл-Фараби, Махмұд Қашғари, Жүсіп Баласағұн, Мұхаммед Хайдар Дулати атты ұлы ойшылдар ғылым мен философияның көрнекті ойшылдарына айналды.

Қожа Ахмет Яссауи бұрынғы Оңтүстік Қазақстандағы көшпенді түркі халқының арасындағы исламды таратуда зор үлес қосты. Әмір Темірдің Яссауиге деген құрметінің белгісі ретінде XIV-XV ғасырларда тұрғызған Қожа Ахмет Яссауи кесенесі, қазіргі таңда тек Қазақстандағы сәулет ескерткіші ғана емес, әлемдік озық үлгілердің бірі болып саналады.

XIII-XIV ғасырларда Орталық Азия мен қазақ жерінде монғол шапқыншылықтарының әсерінен көптеген қалалар жойылды, мешіт пен медреселер қиратылды, ғылым мен мәдениет орталықтары тоналды. Алайда уақыт өтекеле монғол басқыншылары мұсылмандықты қабылдады.

XIII ғасырдың соңында ислам діні Шыңғысхан империясынан бөлініп шыққан Алтын Ордада ресми дін дәрежесіне көтерілді. XIV ғасырдың басында Алтын Ордада ислам мемлекеттік дін болып жарияланды.

XV ғасырда Жәнібек пен Керей негізін қалаған Қазақ хандығының тұсында да ислам діні жоғарғы хандық биліктің нығаюы мен түрлі қазақ тайпаларының бір этникалық қауымға бірігуіне ықпал еткен идеологиялық факторлардың бірі болды. Қазақ хандығының халқы исламның сунниттік бағытының Ханафи мәзһабын ұстанды. XV-XX ғ.ғ аралығында Қазақ мемлекеті мұсылмандық құқықтық нормаларға жүгінді. Ең соңғы қазақ ханы Кенесарыға дейінгі барлық хандарда өздерінің шариғатқа жүгінгендіктерін атап кеткен.